La Chiesa di San Francesco, già monumentale di per se stessa, venne destinata ad accogliere importanti opere provenienti da altri edifici ecclesiastici fin dal 1926, anno in cui terminarono gli imponenti restauri avviati ad inizio secolo che la riportarono alla primitiva semplicità francescana. L’istituzione del Museo di San Francesco avvenne solamente nel 1977, quando le pale degli altari precedentemente rimossi dalla chiesa vennero collocate in quella che era la sacrestia. L’allestimento attuale, del 2005, ha liberato la chiesa dalle opere a lei estranee, occupando anche il primo piano del convento adiacente. Il percorso che si snoda in suggestivi spazi architettonici, è una sintesi delle testimonianze storico-artistiche prodotte nei secoli dalla comunità cristiana locale e presenta opere d’arte di straordinario valore che, attraverso dipinti, sculture e oggetti liturgici, abbraccia gli ultimi mille anni.

Si trova nel cuore del complesso francescano, edificato, unitamente alla chiesa, a partire dal 1235. L’attuale piazza è ricavata nell’antico chiostro che, lungo il perimetro, era delimitato da un porticato continuo arricchito di affreschi. Sullo sfondo è l’edificio ove era il dormitorio dei frati e che in seguito appartenne ai Vescovi di Urbania, come ricordato dallo stemma in facciata. Il prospetto è caratterizzato dalle piccole monofore al piano primo e dalla bella facciata della Sala sottostante, con portale affiancato da due eleganti bifore. Questa, detta del Capitolo a ricordo di quello tenutovi da San Bonaventura da Bagnoregio a metà del 1200, venne successivamente trasformata in cappella della quale rimane una porzione di affresco seicentesco con la Madonna della Misericordia. Il braccio destro del convento, dov’era il refettorio, è andato completamente perduto per un incendio avvenuto a metà del 1800 e a causa dei successivi lavori che lo trasformarono in Ospedale e poi in Casa di Riposo per anziani. La fontana centrale, in pietra arenaria, fu realizzata solo nel 1954 e presenta scolpiti brani tratti dal Cantico delle Creature di S. Francesco. Sulla sinistra si erge la chiesa sormontata dal campanile risalente alla prima metà del Trecento.

Facciata: la facciata è caratterizzata dal un bel portale ad arco acuto sulla cui lunetta è un pregevole affresco quattrocentesco raffigurante la Madonna col Bambino e i Santi Francesco e Caterina, frutto dell’elevato livello raggiunto dagli artisti della cosiddetta ‘Scuola di Mercatello’ strettamente legata alle ricerche umbre. Allo stesso periodo risaliva un portico a tre archi addossato alla facciata, ma questo, progettato da Francesco Di Giorgio Martini, venne demolito nel 1832. Il rosone in arenaria è invece opera del 1909, realizzata a Firenze da Giuseppe Cipriani su disegno dell’architetto Giuseppe Castellucci, che ebbe un ruolo importantissimo durante gli imponenti restauri dell’edificio.

Interno: la chiesa, in linea con gli ideali francescani, è un edificio semplice, costituito da una sola navata con copertura a capriate. Le volte si presentano solo nell’abside, quadrilatera ed ornata da uno stupendo arco trionfale tardo gotico. Le finestre trilobe che si susseguono alle pareti sono chiuse da vetrate realizzate nel 1912 da Francesco Mossmeyer grazie ai privati che le finanziarono, ricordati negli stemmi inseritivi. Tra questi, si distinguono quelli delle più nobili famiglie mercatellesi, che nei secoli hanno sempre dimostrato grande attenzione al tempio francescano, arricchendolo di altari ed opere d’arte e scegliendolo come luogo per il loro riposo eterno, come testimoniano i monumenti funerari collocati nella controfacciata. A sinistra, in alto, è la parte superstite del Monumento Funerario del medico Brelli, un arco trilobo di pietra arenaria con iscrizione che documenta la data di realizzazione, il 1385. A destra si trova invece il Mausoleo Brancaleoni.

Mausoleo Brancaleoni: il sontuoso monumento funebre fu fatto realizzare dalla contessa Giovanna Alidosi, madre adottiva e poi suocera del grande Federico da Montefeltro, alla morte del marito Bartolomeo Brancaleoni, signore di Mercatello, avvenuta nel 1425. Realizzato da maestranze veneziane, è composto dalla tomba, sostenuta da tre mensole, e dal superiore sopracielo a due archi polilobi con finali di cuspidi e guglie. L’arca è suddivisa in tre campi ospitanti mezze figure a bassorilievo racchiuse in formelle lobate raffiguranti al centro Gesù e ai lati la Vergine e l’apostolo Giovanni. Prima dell’attuale collocazione, il mausoleo era nella parete sinistra dell’abside e formava un unicum con l’arco trionfale, che richiama il disegno del baldacchino e risente allo stesso modo della fioritura del gotico di origine veneziana.

Affreschi Navata: la Chiesa, sul finire del 1300, era affrescata con un imponente ciclo pittorico del quale rimangono solo piccoli frammenti. Tale decorazione, inquadrata da cornici con motivi geometrici, si estendeva all’intera superficie perimetrale, dal pavimento all’imposta della copertura, interessando anche l’originario ingresso absidale. La qualità è evidente nel frammento sulla parete sinistra, raffigurante S. Chiara, riscoperto nel 1911 ed inizialmente attribuito a Lorenzo Salimbeni da Sanseverino. Questo ciclo venne completamente cancellato nel 1425, a seguito dell’inserimento della tomba di Bartolommeo Brancaleoni. Nel periodo immediatamente successivo altre famiglie nobili eressero altari lungo le pareti e li arricchirono di affreschi. Due belli esempi sono entro le nicchie della parete destra.

Arco Trionfale: la decorazione d’ingresso all’abside, è dominata, al centro, dallo stemma a bassorilievo della famiglia Brancaleoni, mentre ai lati, su mensole poste al di sopra dei capitelli, sono collocate le statue marmoree di S. Francesco, a destra, e di S. Bonaventura a sinistra, entrambe coronate da due baldacchini con cuspidi traforate a fogliame. Il rilievo dato a S. Bonaventura testimonia l’importanza che il Santo, con la sua presenza a Mercatello, ebbe nell’indirizzare i primi Minori durante la costruzione del complesso francescano. L’arco trionfale lapideo nel 1425 venne sovrapposto a quello originario in arenaria, nascondendo così il preesistente ciclo pittorico trecentesco, di cui rimangono frammenti a lato e dietro la statua di S. Bonaventura. Al centro dell’arco è conservato uno straordinario Crocifisso trecentesco.

Abside: la volta absidale è decorata da affreschi cinquecenteschi attribuiti a Girolamo Genga. Sui quattro spicchi sono rappresentati gli Evangelisti con i relativi simboli: San Marco con il leone, San Luca con il bue, San Matteo con il libro del Vangelo ispirato dall’angelo, San Giovanni con l’aquila. Sulla parete di fondo si trova la grande bifora absidale originale, che, riscoperta nel 1906, diede impulso alla grande stagione di restauri conclusasi nel 1926. La vetrata è opera di Francesco Mossmeyer che la realizzò nel 1912 con le figure delle due Sante mercatellesi: Veronica e Margherita. Solo successivamente queste vennero spostate nelle monofore ai lati dell’arco trionfale e sostituite dai Santi Francesco ed Antonio. In alto, al centro della bifora, è un piccolo rosoncino in arenaria che è stato modello per quello di facciata.